Jakov Džugašvili sa narodil v roku 1907 Stalinovej prvej manželke, ktorá o niekoľko mesiacov neskôr zomrela. Chlapca vychovával brat jej matky, ktorý trval na tom, aby Jakov dostal vyššie vzdelanie. Aj preto mladík neskôr odcestoval na štúdiá do Moskvy, kde sa naučil ruštinu, keďže jeho rodným jazykom bola gruzínčina. Jakov síce získal titul na vojenskej akadémii, no s otcom nikdy nevychádzal.
Zlomový moment ich vzťahu nastal v roku 1925, keď Jakov začal žiť s dcérou pravoslávneho kňaza. Pobúrený Stalin ženu ako partnerku svojho syna odmietol akceptovať a Jakov sa pokúsil o samovraždu. Guľka však prešla len pľúcami a minula srdca, čo diktátor údajne komentoval slovami: „Ani toto si nevedel urobiť poriadne.“
Potom, ako Nemci vpadli do ZSSR, sa Jakov Džugašvili už 16. júla 1941 počas bitky pri Smolensku dostal do zajatia. Najprv sa mu podarilo zamiešať medzi radových vojakov, no potom ho jeden z nich udal Nemcom. Na rad prišlo vypočúvanie Abwehrom, nemeckou tajnou službou, ktorej členovia všetky Jakovove slová starostlivo zapísali. Len časť z výpovede sa ale neskôr dostala na verejnosť.
Zajatec sa pomerne kriticky vyjadroval nielen k svojej jednotke, ale k stavu celej Červenej armády i jej veliteľom. Vzhľadom na to, ako si sovietskej vojská v prvých mesiacoch invázie počínali, nebol ďaleko od pravdy, skôr naopak.
Nemcov zrejme sklamalo, aký chladný vzťah mal Jakov s otcom, o ktorom vedel povedať len málo. Dokonca nepoznal presný rok, kedy zomrela jeho nevlastná matka a Stalinova druhá manželka Nadežda Allilujeovová, a nevedel ani to, koľko rokov má jeho nevlastný brat Vasilij Stalin.
Keď sa Stalin dozvedel o zajatí svojho syna, mal vraj vyhlásiť: „Hlupák, nevedel sa ani zastreliť!“ Neskôr Nemci ponúkli Jakova na výmenu za jedného zo svojich zajatcov, dokonca sa hovorilo, že za poľného maršala Friedricha von Paulusa, ktorý sa vzdal pri Stalingrade. Stalin ale vytrvalo podobnú dohodu odmietal. Vraj nemal syna, ktorý by padol do zajatia. Neskôr však kolovali legendy o tom, že diktátor nechcel vymeniť poľného maršala za obyčajného vojaka.
Nemecká propaganda chcela spočiatku Jakova využiť v rámci svojho vysielania v ruštine a naštrbiť tak nepriateľskú morálku. Tento plán sa ale nevydaril a zajatcovo psychické zdravie sa horšilo. Z berlínskej vily ho napokon deportovali do koncentračného tábora v Sachsenhausene.
Práve tu ho 14. apríla 1943 vo večerných hodinách zastrelili za dodnes nevyjasnených okolností. Podľa výpovede jedného svedka sa Jakov vydal z ostnatému drôtu a dozorca ho zastrelil, no odtajnené dokumenty ukázali niečo iné. Džugašvili podľa nich odmietol uposlúchnuť rozkaz k návratu do kasární. Namiesto toho vykríkol: „Strieľaj!“ Následne dostal guľku do hlavy.
Dá sa predpokladať, že takýmto spôsobom spáchal samovraždu, sklony k nej mal už v mladosti. Stalinov vzťah k nemu sa však následne mierne zmiernil, takúto smrť diktátor považoval za čestnú. Pre Jakova bolo na uznanie od otca už ale neskoro.