Kosti svätého Petra
V roku 1939 sa pod Bazilikou svätého Petra našlo deväť kusov kostí. Prekvapivé je, že existujú rôzne verzie toho, kde ich našli. Podľa jednej boli v nenápadnej, skromnej škatuli od topánok, druhá, že ich našli v hlinených hrncoch a tretia, že ich objavili počas vykopávok pod Bazilikou zabalené v purpurovej látke. V roku 2013 pápež František kosti predstavil verejnosti počas nedeľnej omše a potom ich znova zamkol. Verejnosť ich odvtedy nevidela. Nikto nevie, či ide skutočne o kosti svätého Petra. Vatikán ich zamkol do archívu údajne preto, lebo sa s nimi spája tisícročná kliatba na tých, ktorí porušia pokoj hrobky svätého Petra. Skeptici to však považujú za „rozprávku“.

Sekulárny historický dôkaz Ježišovej existencie / neexistencie
Údajne niekde hlboko vo Vatikánskom tajnom archíve existujú dôkazy o existencii alebo neexistencii Ježiša. V útrobách archívu údajne leží prepísaný rozhovor medzi rímskym cisárom Nerom a svätým Pavlom. Ak je to pravda, tento dokument by mohol potvrdiť alebo vyvrátiť existenciu Ježiša ako historického človeka. Pokiaľ existuje dôkaz, že Ježiš neexistoval, niet divu, že ho Vatikán ukrýva. Bez ohľadu na to, aká je pravda, vedci predpokladajú, že taký dôkaz existuje práve vo Vatikánskom tajnom archíve. 

Tretie tajomstvo Fatimy
V malom portugalskom meste Fatima tri deti údajne mali vízie Panny Márie. V prvom zjavení videli oheň pekla naplnený ohavnými démonmi a trpiacimi dušami zatratených. V druhej vízii videli, že čoskoro skončí prvá svetová vojna a druhá svetová vojna sa začne takmer okamžite ako pápež neposvätí Rusko Nepoškvrnenému Srdcu Panny Márie. Tretie tajomstvo však zostalo v tajnosti až do roku 2000, keď vyšlo najavo, že v ňom ide o prenasledovanie kresťanov v 20. storočí a pokus o atentát na pápeža Jána Pavla II. Niektorí ľudia však veria, že tretie zverejnené tajomstvo nebolo identické s tým, ktoré videli deti z Fatimy. Nech už je to akokoľvek, keby bolo tretie  tajomstvo vymyslené, je možné, že skutočné tajomstvo je niekde vo vatikánskom archíve.

Diabol v archíve
Mnohí ľudia špekulujú, že katolícka cirkev je démonická inštitúcia. V súlade s touto teóriou tvrdia, že satana držia práve v tajnom archíve Vatikánu. Najvyšší známy exorcista Vatikánu, otec Gabriele Amorth, vykonal pred svojou predčasnou smrťou tisíce exorcistických rituálov. Uviedol, že minimálne v jednom prípade sa rozprával s diablom, ktorý sa skrýval vo Vatikáne. Podľa otca Amortha škandály a korupcia v katolíckej cirkvi idú na vrub práve prítomnému diablovi. Prečo by mal byť diabol vo Vatikáne a z akého dôvodu by ho držali v tajnosti, to už neprezradil.

Obrazy pravej podoby Ježiša
Nazaret, miesto narodenia Ježiša, je mesto v severnej časti Izraela, kúsok od Galilejského jazera. Ľudia žijúci v horských oblastiach severného Izraela mali špecifický výzor, a preto pravá podoba Ježiša takmer s určitosťou nezodpovedá vyobrazeniu v rámci dnešnej kultúry. Niektorí ľudia si myslia, že Vatikán disponuje minimálne jedným zobrazením Ježišovej podoby. Ježiš bol údajne fúzatý, silne kučeravý a dokonca vraj existujú dôkazy o tom, že meral pravdepodobne len niečo cez 150 centimetrov. 

Dôkazy o ufónoch
Mimozemšťania sú obľúbenou témou mnohých konšpiračných teoretikov, preto nie je prekvapením, že ich spájajú aj s Vatikánom. Niektorí z nich tvrdia, že v roku 1998 pod Vatikánom našli kostry s pretiahnutými hlavami a malými tvárami, ktoré sa podobajú mimozemšťanom zo seriálu Alien. Odvtedy vraj Vatikán uchováva všetky dôkazy o ufónoch v tajnosti, aby nediskreditoval kresťanstvo. Existujú aj konšpirátori, ktorí tvrdia, že vnútri tajného archívu žije niekoľko živých mimozemšťanov. K tomu asi nie je čo dodať.

Možno neukrývajú nič
Možno vás sklameme, ale existujú i teórie, že s najväčšou pravdepodobnosťou Vatikánsky tajný archív neukrýva žiadne špeciálne tajomstvá. Slovíčko „tajný“ je pravdepodobne iba nesprávny preklad latinského „Secretum“, ktoré preložili ako „tajomstvo“, no presnejší preklad znie „osobné“. Takže v takomto prípade by išlo o Osobný  archív Vatikánu, čo už neznie tak mysteriózne.