Galapágy preslávil ako prvý Charles Darwin počas svojej plavby na lodi Beagle. Ostrovy do veľkej miery prispeli k tomu, že Darwin zostavil teóriu evolúcie a prirodzeného výberu, ktorá je jedným zo základov biológie. Súostrovie a jeho okolité vody sú dnes národným parkom, oceánskou rezerváciou i prírodným dedičstvom UNESCO. Majú však aj svoju temnú históriu.

V roku 1832 Galapágy anektoval plukovník Ignacio Hernandez a spravil z nich súčasť Ekvádorskej republiky. Onedlho tu začali vyrastať trestanecké kolónie, keďže odľahlosť súostrovia bránila väzňom v úteku. Odsúdenci, ktorých sem eskortovali z pevniny, museli vykonávať nútené práce na poliach. Prvými obyvateľmi ostrovov boli bývalí vojaci, ktorí sa pokúsili o prevrat, ale neuspeli. Podmienky v trestaneckej kolónii boli veľmi kruté a často sa tu vyskytovali povstania odsúdencov. V roku 1952 napokon kolóniu zrušili.

V dejinách sa vyskytlo viacero pokusov o osídlenie Galapág. Manuel Cobos sem napríklad priviedol väzňov, aby pracovali na poliach s cukrovou trstinou a kávovníkmi. Väzni ho zabili. Ďalším odvážlivcom bol José Valdizán, ktorý s ekvádorskou vládou podpísal 12-ročnú zmluvu na zber červeného indiga na Galapágoch. Zomrel počas povstania väzňov v roku 1878.

Počas druhej svetovej vojny založila ekvádorská vláda na jednom z ostrovov zrejme najkrutejšiu trestaneckú kolóniu. Prvých zajatcov sem ale poslala až v roku 1946. 300 väzňov tu muselo stavať absolútne nezmyselný kamenný múr. Vo vzdialenom lome si museli vyťažiť kamene a nosiť ich na miesto stavby. V nasledujúcich rokoch počet väzňov pribúdal a rovnako tak stúpal aj počet tých, ktorí pri stavbe zomreli. Napokon v roku 1958 došlo k povstaniu, pri ktorom zomrelo mnoho zajatcov i dozorcov a o rok neskôr vláda kolóniu uzavrela.

Ostatky Múru sĺz dodnes navštevujú turisti. Len tak sa dokážu aspoň čiastočne priblížiť k podmienkam, za akých tu muži pracovali. V neznesiteľnom teple, bez jedla, s minimom vody a vediac, že stavba nemá žiaden zmysel okrem toho, aby pri nej trpeli. Dodnes sa nevie, koľko zajatcov tu zomrelo, ale odhaduje sa, že ich bolo vyše tisíc.