Nemecké Einsatzgruppen a litovskí nacionalisti spojili sily, aby v krajine vyvraždili čo najviac židov. Ultrapravicové protisovietske sily nadviazali s nacistami kontakt ihneď potom, ako Nemci vpadli na územie dnešnej Litvy. Polovojenské jednotky podnecované nacistami následne začali rozpútavať pogromy na židov. Prvý z nich sa 25. až 27. júna 1941 odohral v meste Kaunas. V Kaunase a priľahlých obciach vtedy zomrelo asi päťtisíc židov, najkrutejší incident v rámci pogromu sa neskôr stal známym ako Lietūkiský garážový masaker.
V čase masakra ešte Nemci nemali ani len vládu nad mestom. Litovci dovliekli desiatky židov ku garážam v centre mesta a začali ich zabíjať lopatami a železnými tyčami. Všetkému sa prizeral dav miestnych, rodičia dvíhali svoje deti na ramená, aby im nič neušlo. Všetci chceli aspoň kútikom oka zazrieť muža, ktorý dostal prezývku „zabijak z Kaunasu“. Nemecký dôstojník, ktorý sa vyčíňaniu prizeral, si do denníka zapísal:
„Na betónovom nádvorí čerpacej stanice stál svetlovlasý muž strednej postavy s hrubou železnou tyčou v rukách. Odpočíval. Palica bola hrubá ako jeho predlaktie a siahala mu po krk. Pri nohách mu ležalo 15 až 20 mŕtvych alebo umierajúcich. Ktosi s hadicou neprestajne zmýval krv do kanála. Za mužom stálo najmenej 20 ďalších mužov, ktorí čakali na krutú popravu. Potom jeden vystúpil do popredia a muž ho ubil tyčou na smrť za povzbudzovania divákov.“
Keď sa počet obetí vyšplhal na 50, zabijak z Kaunasu vzal akordeón, vyliezol na hromadu mŕtvych a zahral litovskú hymnu. Incident bol dobre zdokumentovaný vďaka množstvu nemeckých i litovských svedkov. Jeden z nich, Laimonas Noreika, si neskôr zapísal:
„Neviem, či sme vtedy s bratom odišli z práce skôr, alebo v normálnom čase. Oproti cintorínu bola menšia garáž, kde servisovali autá. Pred ňou už bol veľký dav ľudí, a tak sme sa šli pozrieť, čo sa deje. Neskôr som si nahováral, že sa mi to všetko len zdalo, ale viem, že nie. Tie strašné činy sa mi vypálili do pamäte a ostanú tam až do môjho posledného dňa. V strede nádvoria za denného svetla a pred stovkami svedkov skupina dobre oblečených a na prvý pohľad inteligentných ľudí bila železnými tyčami inú skupinu tiež dobre oblečených a múdrych ľudí. Prizerajúci sa kričali „norma“, pohnite si. Keď napokon všetci padli k zemi, postriekali ich vodou, a kto sa ešte hýbal, dobili ho.
Nemecký plukovník Lothar von Bischoffshausen po vojne vypovedal: „Do Kaunasu som dorazil poobede 27. júna 1941. Počas hliadkovania sme v meste narazili na dav ľudí pri čerpacej stanici. Mnohé ženy stáli na stoličkách a debnách, aby lepšie videli, deti sedeli rodičom na ramenách. Najprv som si myslel, že niečo oslavujú, bolo počuť smiech, povzbudzovanie a tlieskanie.
Keď som sa spýtal, čo sa deje, povedali mi, že zabijak z Kaunasu pracuje a uisťuje sa, že všetci zradcovia a kolaboranti dostávajú zaslúžený trest. Šiel som sa pozrieť, čo sa deje, a bol som svedkom brutality, akú som v boji počas dvoch svetových vojen nevidel.
Na nádvorí stál asi 25-ročný svetlovlasý muž. Opieral sa o dlhú hrubú železnú tyč a okolo neho ležalo 15 až 20 mŕtvych. Z radu vystúpil ďalší muž a v tichosti si nechal roztĺcť hlavu. Keď spadol na zem, muž ho dobil a každú ranu sprevádzali povzbudzujúce výkriky davu.“ Pred garážou zabili dovedna 68 židov.
Počas druhej svetovej vojny vyvraždili 91 až 95 percent litovských židov – prakticky všetkých, ktorí nestihli ujsť. Išlo o vôbec najväčšie percento spomedzi všetkých štátov postihnutých holokaustom.
